Habitadas probablemente dende a época prehistórica, e grazas a súa situación estratéxica, as illas foron testemuñas de algúns dos episodios máis salientables da historia, non só de Vigo e da súa ría, senón de Galicia.

O primeiro asentamento nelas do que se ten rexistro ten lugar na alta Idade Media, cara ao século IV, e moi probablemente se tratara dun pequeno mosteiro.

Entre os séculos XII e XIII aséntase nas illas a Orde do Temple. É neste período cando se constrúe a primeira ermida de San Simón. Posteriormente as illas pasarán das mans da coroa de Castela e León ao bispado de Tui en 1370.

Dende 1507 o convento da illa de San Simón convértese na casa matriz da orde da Reforma Pascualina do Santo Evanxeo ata á morte do seu fundador en 1583. No ano 1585, o corsario inglés Sir Francis Drake ataca a ría de Vigo e saquea a illa repetindo o asalto catro anos despois e incendiando o mosteiro. A illa é abandonada ata que é ocupada de novo polos monxes franciscanos no 1602, rehabilitando os edificios destruídos.

No curso da Batalla de Rande en 1702 o Mosteiro de San Simón volta a ser saqueado e queimado. Será a orde dos bieitos os que reconstrúan e volten a ocupala. Tras o asalto, saqueo e incendio de 1719, estes deixarán a illa practicamente case abandoada. No 1842 comeza a prestar servicio o Lazareto de San Simón, que durante décadas servirá para acoller en corentena obrigada a todos os barcos procedentes de América que tiveran como destino calquera porto do noroeste peninsular.